농어촌 주택 일시적 2주택 보유자 비과세 특례 요건(조세특례제한법 제99조의4)

1. 서 론

최근 귀농귀촌 인구가 증가하고,

농촌지역 출신 인구의 회귀현상이 심화됨에 따라,

농어촌 지역 이주에 대한 양도소득세 비과세 특례를 적용하는 경우가 많은데요.

이에 따라, 농어촌 주택 일시적 2주택 보유자 비과세 특례를 적용하는 요건을 알아보겠습니다.

 

2. 상속주택의 경우

일반주택과 상속받은 농어촌주택이 있는 경우

2년이상 보유요건 등을 충족하는 일반주택 양도시 비과세 적용이 가능하려면,

피상속인이 5년 이상 거주한 상속 농어촌주택으로서 

수도권 밖의 지역 중 읍지역(도시지역 안의 지역 제외) 또는

면지역에 소재하는 주택과 그 밖의 일반주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 

일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 비과세를 적용합니다.

 

3. 이농의 경우(농촌에서 살다가 도시로 나감)

일반주택과 이농 농어촌주택이 있는 경우

2년 이상 보유요건 등을 충족하는 일반주택을 양도할 때 비과세 적용이 가능한지에 대해서

취득일로부터 5년 이상 거주사실이 있는 이농 농어촌주택으로서

수도권 밖의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는

면지역에 소재하는 주택과 그 밖의 일반주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 

일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 비과세를 적용합니다.

 

4. 귀농의 경우(도시에서 살다가 농촌으로 회귀)

일반주택과 귀농 농어촌주택이 있는 경우 2년이상 보유요건 등을 충족하는

일반주택 양도시 비과세 적용이 가능한가에 대해서는

소득세법 시행령 제155조 제10항의 요건인 대지면적 660제곱미터 이내 등의 요건을 충족하는

귀농 농어촌주택과 그 밖의 일반주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 

일반주택을 귀농주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우에는

국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 비과세를 적용합니다.

 

5. 일반 주택 양도 후 일반 주택을 추가 취득한 경우

일반주택과 귀농 농어촌주택이 있는 경우 2년이상 보유요건 등을 충족하는 일반주택을 양도한 후

다른 일반주택을 추가로 취득한 후 양도하는 경우에도 추가로 비과세 적용이 가능한가에 대해서

귀농으로 인하여 세대전원이 농어촌주택으로 이사하는 경우에는

귀농 후 최초로 양도하는 1개의 일반주택에 한하여 제7항 본문의 규정을 적용하므로, 

추가로 취득하는 주택은 비과세가 적용되지 않습니다.

 

6. 영농에 미종사하는 경우

일반주택과 귀농 농어촌주택이 있는 경우 2년이상 보유요건 등을 충족하는 일반주택을 양도한 후

3년이상 영농에 종사하지 않은 경우 양도소득세를 신고, 납부해야 하는가에 대해서는

귀농주택 비과세 특례를 적용받은 귀농주택 소유자가 

귀농일부터 계속하여 3년 이상 영농 또는 영어에 종사하지 않거나 그 기간 동안 해당 주택에 거주하지 않은 경우 

그 양도한 일반주택은 1세대 1주택으로 보지 않으며,

해당 귀농주택 소유자는 3년 이상 영농 또는 영어에 종사하지 않거나

그 기간 동안 해당 주택에 거주하지 않는 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에

양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 합니다.

 

 7. 조세특례 제한법 제99조의4에 따른 비과세 요건

【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

(1) 2025년 12월 31일 이전에 농어촌주택을 취득(건축 포함)하여

     3년 이상 보유하여 농어촌주택, 고향주택을 취득하기 전 일반 주택을 양도하는 경우

(2) 주택 또는 이에 딸린 토지의 가액의 합계액이 해당 주택의 취득 당시

     기준시가 3억원(한옥은 4억)을 초과하지 않을 것

(3) 농어촌주택의 경우, 수도권, 도시지역, 조정대상지역, 토지거래허가구역, 관광단지를 제외한 지역으서, 

     읍, 면이 별표 12에 따른 시 지역의 동에 소재한 경우에만 해당하고,

     농어촌주택과 보유하던 일반주택이 행정구역상 같은 읍, 면 또는 인접한 읍, 면에 있지 않을 것

 

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조세특례제한법 제99조의4

【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가

2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고

그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는

그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다. 

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)

가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제13호에 따른

기회발전특구(같은 법 제2조제12호에 따른 인구감소지역, 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른

접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다.

이하 이 조 및 제5장의11에서 “기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을

제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여

대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여

대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. 다만, 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」

제2조제12호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시

3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “고향주택”이라 한다)

가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

1) 수도권지역

2) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이

해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

② 삭제 <2007. 12. 31.>

③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나

1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는

제1항을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도

제1항을 적용한다.

⑤ 1세대가 수도권 내 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재하는

2주택(양도하는 시점의 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이

6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고

「소득세법」 제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는

같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고, 「소득세법」 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는

제5항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하거나

최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가

과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한

세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다.

다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는

부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제1항, 제4항 및 제5항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라

과세특례신청을 하여야 한다.

⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

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8. 결 론

위 요건에 해당하는 농어촌주택과 일반주택의 2주택 보유자에 대해서

일반주택을 양도하는 경우, 비과세 특례를 적용합니다만,

위의 경우에는 일반주택을 먼저 보유하고 있는지, 나중에 보유하는지를 주의하셔야 할 것 같습니다.